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研究成果

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雑誌論文Papers

  1. Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao
    Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation for investigating large-amplitude collective motions of proteins
    The Journal of Chemical Physics , 152 , 22 , 225101 (2020)
    DOI: 10.1063/5.0004654
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  2. Hiroaki Hata, Duy Phuoc Tran, Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao
    Binding free energy of protein/ligand complexes calculated using dissociation Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and Markov state model
    Biophysics and physicobiology , 18 , 305-316 (2021)
    DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v18.037
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  3. Takeo Yamawaki, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Yoshitsugu Shiro, Yasuhisa Mizutani
    Regulatory Switching by Concerted Motions on the Microsecond Time Scale of the Oxygen Sensor Protein FixL
    The Journal of Physical Chemistry B , 125 , 25 , 6847-6856 (2021)
    DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c01885
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  4. Steven Hayward, Akio Kitao
    The role of the half-turn in determining structures of Alzheimer’s Aβ wild-type and mutants
    Journal of Structural Biology , 213 , 4 , 107792 (2021)
    DOI: 10.1016/j.jsb.2021.107792
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  5. Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao
    Dissociation Pathways of the p53 DNA Binding Domain from DNA and Critical Roles of Key Residues Elucidated by dPaCS-MD/MSM
    Journal of Chemical Information and Modeling , 62 , 5 , 1294–1307 (2022)
    DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01508
    プレスリリース: https://www.titech.ac.jp/news/2022/063638
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  6. Duy Phuoc Tran, Yuta Taira, Takumi Ogawa, Ryoga Misu, Yoshiki Miyazawa, Akio Kitao
    Inhibition of the hexamerization of SARS-CoV-2 endoribonuclease and modeling of RNA structures bound to the hexamer
    Sci. Rep. , 12 , 3860 (2022)
    DOI: doi.org/10.1038/s41598-022-07792-2
    プレスリリース: https://www.titech.ac.jp/news/2022/063494
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  7. Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, and Yasuhisa Mizutani
    Dependence of Vibrational Energy Transfer on Distance in a Four-Helix Bundle Protein: Equidistant Increments with the Periodicity of α Helices
    J. Phys. Chem. B , 126 , 17 , 3283–3290 (2022)
    DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c00956
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  8. Akio Kitao
    Principal Component Analysis and Related Methods for Investigating the Dynamics of Biological Macromolecules
    J , 5 , 2 , 298-317 (2022)
    DOI: 10.3390/j5020021
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  

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学会発表Presentations, Lectures

  1. チャン フ ズイ, 畑　宏明,中矢　光, 北尾彰朗
    Benchmarking the free energy calculation of PaCS-MD/MSM
    第21回日本蛋白質科学会年会, ( 2021 , 6 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  2. 平悠太、Duy Tran、北尾彰朗
    DNA binding mechanisms of the p53 C-terminal domain elucidated by MD simulation
    第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  3. Sobeh Mohamed Marzouk、北尾彰朗
    Investigating the dissociation process of DBD-p53/DNA complex by PaCS-MD and MSM
    第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  4. 宮澤佳希、Phuoc Duy Tran、竹村和浩、北尾彰朗
    PaCS-MD/MSM を用いたタンパク質複合体の速度定数評価(Kinetic rate evaluation for protein complexes by PaCS-MD/MSM)
    第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  5. 竹村和浩、北尾彰朗
    Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock
    第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  6. 宮澤佳希、Duy Phuoc Tran、竹村和浩、北尾彰朗
    Protein-protein complex dissociation simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
    第20回日本蛋白質科学会年会, ( 2020 , 7 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  7. Tran P. Duy、Akio Kitao
    Simulating the association/dissociation process of flexible protein complexes
    第20回日本蛋白質科学会年会, ( 2020 , 7 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  8. 竹村和浩、北尾彰朗
    Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock
    第20回日本蛋白質科学会年会, ( 2020 , 7 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗  
  9. Wijaya Tegar Nurwahyu、北尾彰朗
    Dynamics of Close-Open State of Candida antarctica Lipase B Obtained by Parallel Cascade Molecular Dynamics Simulation and The Markov State Model
    第10回日本生物物理学会関東支部会, ( 2021 , 3 )
    C01:2022年公募班  C01:2020年公募班   C01 北尾　彰朗