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雑誌論文Papers

Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao
Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation for investigating large-amplitude collective motions of proteins
The Journal of Chemical Physics , 152 , 22 , 225101 (2020)
DOI: 10.1063/5.0004654
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Hiroaki Hata, Duy Phuoc Tran, Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao
Binding free energy of protein/ligand complexes calculated using dissociation Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and Markov state model
Biophysics and physicobiology , 18 , 305-316 (2021)
DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v18.037
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Takeo Yamawaki, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Yoshitsugu Shiro, Yasuhisa Mizutani
Regulatory Switching by Concerted Motions on the Microsecond Time Scale of the Oxygen Sensor Protein FixL
The Journal of Physical Chemistry B , 125 , 25 , 6847-6856 (2021)
DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c01885
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Steven Hayward, Akio Kitao
The role of the half-turn in determining structures of Alzheimer’s Aβ wild-type and mutants
Journal of Structural Biology , 213 , 4 , 107792 (2021)
DOI: 10.1016/j.jsb.2021.107792
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao
Dissociation Pathways of the p53 DNA Binding Domain from DNA and Critical Roles of Key Residues Elucidated by dPaCS-MD/MSM
Journal of Chemical Information and Modeling , 62 , 5 , 1294–1307 (2022)
DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01508
プレスリリース: https://www.titech.ac.jp/news/2022/063638
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Duy Phuoc Tran, Yuta Taira, Takumi Ogawa, Ryoga Misu, Yoshiki Miyazawa, Akio Kitao
Inhibition of the hexamerization of SARS-CoV-2 endoribonuclease and modeling of RNA structures bound to the hexamer
Sci. Rep. , 12 , 3860 (2022)
DOI: doi.org/10.1038/s41598-022-07792-2
プレスリリース: https://www.titech.ac.jp/news/2022/063494
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, and Yasuhisa Mizutani
Dependence of Vibrational Energy Transfer on Distance in a Four-Helix Bundle Protein: Equidistant Increments with the Periodicity of α Helices
J. Phys. Chem. B , 126 , 17 , 3283–3290 (2022)
DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c00956
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Akio Kitao
Principal Component Analysis and Related Methods for Investigating the Dynamics of Biological Macromolecules
J , 5 , 2 , 298-317 (2022)
DOI: 10.3390/j5020021
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
J. Ono, U. Koshimizu, Y. Fukunishi, H. Nakai
Multiple protonation states in ligand-free SARS-CoV-2 main protease revealed by large-scale quantum molecular dynamics simulations
Chem. Phys. Lett. , 794 , 139489 (2022)
DOI: 10.1016/j.cplett.2022.139489
C01:2020年公募班 C01 小野　純一
H. Nakai, T. Takemura, J. Ono, Y. Nishimura
Quantum-Mechanical Molecular Dynamics Simulations on Secondary Proton Transfer in Bacteriorhodopsin using Realistic Models
J. Phys. Chem. B , 125 , 39 , 10947–10963 (2021)
DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c06231
C01:2020年公募班 C01 小野　純一
Oda K, Nomura T, Nakane T, Yamashita K, Inoue K, Ito S, Vierock J, Hirata K, Maturana AD, Katayama K, Ikuta T, Ishigami I, Izume T, Umeda R, Eguma R, Oishi S, Kasuya G, Kato T, Kusakizako T, Shihoya W, Shimada H, Takatsuji T, Takemoto M, Taniguchi R, Tomita A, Nakamura R, Fukuda M, Miyauchi H, Lee Y, Nango E, Tanaka R, Tanaka T, Sugahara M, Kimura T, Shimamura T, Fujiwara T, Yamanaka Y, Owada S, Joti Y, Tono K, Ishitani R, Hayashi S, Kandori H, Hegemann P, Iwata S, Kubo M, Nishizawa T, Nureki O.
Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin
elife , 23 , e62389 (2021)
DOI: 10.7554/eLife.62389
プレスリリース: https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2021/7284/
A01:計画研究 B01:計画研究 C01:計画研究 A01:2020年公募班 C01:2020年公募班 A01 岩田　想 A01 草木迫司 B01 南後　恵理子 B01 大和田　成起 C01 久保　稔 C01 木村　哲就 A01 志甫谷　渉 A01 片山　耕大 C01 林　重彦
Ichiro Tanaka, Ryota Nishinomiya, Ryosuke Goto, Shun Shimazaki, Toshiyuki Chatake
Recent Structural Insights on the Mechanism of Lysozyme Hydrolysis
Acta Cryst. D , 77 , 288-292 (2021)
DOI: 10.1107/S2059798321000346
C01:2020年公募班 C01 田中　伊知朗
J. Ono, M. Imai, Y. Nishimura, H. Nakai
Hydroxide Ion Carrier for Proton Pumps in Bacteriorhodopsin: Primary Proton Transfer
J. Phys. Chem. B , 124 , 39 , 8524–8539 (2020)
DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c05507
C01:2020年公募班 C01 小野　純一
Wolff, A. M., Young, I. D., Sierra, R. G., Brewster, A. S., Martynowycz, M. W., Nango, E., Sugahara, M., Nakane, T., Ito, K., Aquila, A., Bhowmick, A., Biel, J. T., Carbajo, S., Cohen, A. E., Cortez, S., Gonzalez, A., Hino, T., Im, D., Koralek, J. D., Kubo, M., Lazarou, T. S., Nomura, T., Owada, S., Samelson, A. J., Tanaka, T., Tanaka, R., Thompson, E. M., van den Bedem, H., Woldeyes, R. A., Yumoto, F., Zhao, W., Tono, K., Boutet, S., Iwata, S., Gonen, T., Sauter, N. K., Fraser, J. S., Thompson, M. C.
Comparing serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) as methods for routine structure determination from small macromolecular crystals.
IUCrJ , 7 , 2 , 306-323 (2020)
DOI: https://doi.org/10.1107/S205225252000072X
A01:計画研究 B01:計画研究 C01:計画研究 C01:2020年公募班 A01 岩田　想 B01 南後　恵理子 B01 大和田　成起 C01 久保　稔 A01 日野　智也

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学会発表Presentations, Lectures

チャンフズイ, 畑　宏明,中矢　光, 北尾彰朗
Benchmarking the free energy calculation of PaCS-MD/MSM
第21回日本蛋白質科学会年会, ( 2021 , 6 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
平悠太、Duy Tran、北尾彰朗
DNA binding mechanisms of the p53 C-terminal domain elucidated by MD simulation
第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Sobeh Mohamed Marzouk、北尾彰朗
Investigating the dissociation process of DBD-p53/DNA complex by PaCS-MD and MSM
第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
宮澤佳希、Phuoc Duy Tran、竹村和浩、北尾彰朗
PaCS-MD/MSM を用いたタンパク質複合体の速度定数評価(Kinetic rate evaluation for protein complexes by PaCS-MD/MSM)
第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
竹村和浩、北尾彰朗
Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock
第58回日本生物物理学会年会, ( 2020 , 9 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
宮澤佳希、Duy Phuoc Tran、竹村和浩、北尾彰朗
Protein-protein complex dissociation simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
第20回日本蛋白質科学会年会, ( 2020 , 7 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Tran P. Duy、Akio Kitao
Simulating the association/dissociation process of flexible protein complexes
第20回日本蛋白質科学会年会, ( 2020 , 7 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
竹村和浩、北尾彰朗
Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock
第20回日本蛋白質科学会年会, ( 2020 , 7 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗
Wijaya Tegar Nurwahyu、北尾彰朗
Dynamics of Close-Open State of Candida antarctica Lipase B Obtained by Parallel Cascade Molecular Dynamics Simulation and The Markov State Model
第10回日本生物物理学会関東支部会, ( 2021 , 3 )
C01:2022年公募班 C01:2020年公募班 C01 北尾　彰朗